《机动战士高达NT》在U.C.0097年代，随着“拉普拉斯事变”尘埃落定，两架独角兽高达被隐秘封存，残余的吉翁势力“袖章”亦土崩瓦解。人类逐渐从战争的阴霾中走出。然而，失踪两年的独角兽高达三号机“凤凰”突然现世，其拥有的颠覆世界秩序的力量，立刻引来地球联邦军、吉翁残党及路欧商会三方激烈争夺。一场宇宙间的决战即将拉开序幕，各方势力暗流涌动，万众瞩目。^^