《名侦探柯南：黑铁的鱼影》在东京八丈岛近海，一个连接全球警方监控的海洋设施——“太平洋浮标”正式启动。为与欧洲刑警组织联网，各国IT工程师齐聚一堂。同时，一项人脸识别技术的测试也在进行。柯南与少年侦探团受邀来到八丈岛赏鲸。然而，冲矢昂来电告知柯南，欧洲刑警组织成员在德国被杀。为探真相，柯南混入警备艇，潜入“太平洋浮标”。设施内正为系统启动紧张筹备，但一场犯罪案件却突发了：一名女性工程师被黑衣组织绑架，她手上的U盘里存有重要情报。此时，海面上的螺旋桨声令人心惊，而八丈岛的灰原哀也正面临未知的威胁……一场关于正义与真相的较量即将展开。^^